เหตุการณ์ช่วงที่พระนเรศวรกำลังจะยกทัพไปปราบหงสาวดี ของพระเจ้านันทบุเรง หลังจากที่พระเจ้าตองอูกับพระเจ้ายักไข่มาเข้ากับไทยครั้งนั้น ความจริงปรากฏในเรื่องพงศาวดารต่อมาภายหลัง ว่าพระเจ้าตองอูคิดเห็นว่าไทยคงตีได้เมืองหงสาวดี เมื่อกำจัดพระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงเสียแล้ว สมเด็จพระนเรศวรจะต้องหาใครครองเมืองหงสาวดี ถ้ามาเข้ากับไทยให้มีความชอบต่อสมเด็จพระนเรศวร คงจะได้เป็นพระเจ้าหงสาวดี เป็นใหญ่ในประเทศพม่าต่อไป
ฝ่ายพระเจ้ายักไข่ก็อยากได้หัวเมืองขึ้นของหงสาวดี ที่ต่อแดนยักไข่ทางทะเลลงมาจนปากน้ำเอราวดี หวังจะได้หัวเมืองเหล่านั้นเป็นบำเหน็จเหมือนกัน บางทีจะรู้เห็นเป็นใจกันกับพระเจ้าตองอูจึงมาขอเข้ากับไทยในคราวเดียวกัน สมเด็จพระนเรศวรก็ทรงรับความสวามิภักดิ์ทั้ง ๒ เมือง
ในหนังสือพงศาวดารว่า ครั้งนั้นมีพระภิกษุที่เมืองตองอูองค์หนึ่ง ชื่อว่าพระมหาเถรเสียมเพรียม เห็นจะเป็นชีต้นอาจารย์ของพระเจ้าตองอู เป็นคนฉลาดในเล่อุบาย รู้ว่าพระเจ้าตองอูให้มาอ่อนน้อมต่อไทย ก็เข้าไปทัดทานพระเจ้าตองอู ว่าที่หมายจะเป็นโดยไปพึ่งต่อไทย เห็นจะไม่สมคิด เพราะกรุงหงสาวดีกับกรุงศรีอยุธยารบพุ่งขับเคี่ยวแข่งอำนาจกันมาช้านาน ถ้าสมเด็จพระนเรศวรปราบเมืองหงสาวดีได้แล้ว ไหนจะยอมให้ใครมีอำนาจขึ้นไปเป็นคู่แข่งอีก คงจะคิดตัดรอนทอนกำลังเมืองหงสาวดี มิให้มีโอกาสที่จะกลับเป็นอิสระได้อีก อย่างดีก็จะได้เป็นเพียงประเทศราชขึ้นต่อกรุงศรีอยุธยา เหมือนอย่างเคยขึ้นต่อพระเจ้าหงสาวดีมาแต่ก่อนเท่านั้น เห็นว่าทางที่จะคิดเป็นใหญ่ได้โดยลำพัง ไม่ต้องเป็นเมืองขึ้นของไทยยังมีอยู่ แล้วพระมหาเถรเสียมเพรียมก็บอกกลอุบายให้พระเจ้าตองอู พระเจ้าตองอูเห็นชอบด้วย จึงแต่งพวกคนสนิทให้ลอบลงมายุยงพวกราษฎรที่ถูกไทยเกณฑ์มาทำนา ประสงค์จะให้มอญเป็นอริขึ้นกับไทย จนเกิดเหตุการณ์กีดกันมิให้สมเด็จพระนเรศวรยกขึ้นไปตีเมืองหงสาวดีได้โดยสะดวก
แล้วแต่งทูตไปยังพระเจ้ายักไข่ซึ่งยกกองทัพเรือลงมาตั้งอยู่ ณ เมืองสิเรียม ชวนให้ร่วมใจในกลอุบายที่คิดไว้ นัดให้พระเจ้ายัดไข่ยกกองทัพขึ้นไปทางเรือ เหมือนหนึ่งว่าจะช่วยสมเด็จพระนเรศวรตีเมืองหงสาวดี ส่วนพระเจ้าตองอูจะยกทัพบกลงมายังเมืองหงสาวดี เหมือนอย่างว่าจะมาช่วยพระเจ้าหงสาวดีต่อสูสมเด็จพระนเรศวร พอได้อำนาจในเมืองหงสาวดีแล้วจะให้หย่าทัพกับพระเจ้ายักไข่ ยอมให้หัวเมืองทางชายทะเลแก่พระเจ้ายักไข่ตามแต่จะต้องการ
พระเจ้ายักไข่เห็นว่าเข้ากับพระเจ้าตองอูจะได้กำไร มากกว่ารอช่วยสมเด็จพระนเรศวรตีเมืองหงสาวดี ก็รับเข้าร่วมมือกับพระเจ้าตองอู แล้วยกกองทัพขึ้นไปตั้งติดเมืองหงสาวดี ฝ่ายพระเจ้าตองอูก็ยกกองทัพบกลงมาในราวเดือน ๑๒ ปีกุน พ.ศ. ๒๑๔๒ นั้น ว่าจะมาช่วยพระเจ้าหงสาวดีต่อสู้ข้าศึก
แต่พระเจ้าหงสาวดีไม่ไว้พระทัยพระเจ้าตองอู เพราะเคยกระด้างกระเดื่องมาแต่ก่อน ไม่ยอมให้กองทัพพระเจ้าตองอูเข้าไปในหงสาวดี พระเจ้าตองอูก็ตั้งกองทัพติดเมืองอยู่ข้างฝ่ายเหนือ เหมือนอย่างกองทัพพระเจ้ายักไข่ตั้งติดเมืองอยู่ข้างใต้ ล้อมเมืองหงสาวดีไว้
ฝ่ายคนสนิทของพระเจ้าตองอู เมื่อลงมาถึงเมืองเมาะตะมะ ก็แยกย้ายกันไปปะปนอยู่ในพวกพลเมือง เที่ยวหลอกลวงพวกมอญว่าไทยเกณฑ์มาทำนา พอเสร็จแล้วจะกวาดต้อนเอาไปไว้ใช้ในกรุงศรีอยุธยา พวกราษฎรก็เกิดหวาดหวั่น บางพวกก็หลบหนี ไม่ทำการงานเป็นปกติเหมือนดังแต่ก่อน
ครั้นพวกไทยที่เป็นพนักงานตรวจตราเห็นมอญหลบหนีก็สั่งจับกุม พวกมอญเลยเข้าใจกันไปว่าจะจับส่งไปเมืองไทย ก็ยิ่งตื่นเต้นมากขึ้น บางทีถึงต่อสู้ไม่ยอมให้จับกุม แล้วเลยสมคบกันเป็นพวกๆ ถ้าเห็นไทยติดตามไปน้อยตัวก็รุมทำร้ายเกิดการฆ่าฟันกันขึ้นเนืองๆ
เจ้าพระยาจักรีเห็นพลเมืองมอญกระด้างกระเดื่องขึ้นดังนั้น เข้าใจว่าเป็นเพราะพวกมอญที่เป็นมูลนายไม่กำราบปราบปราม ให้เอาตัวพวกมอญมูลนายมาจองจำทำโทษ พวกมอญที่เป็นชั้นมูลนายก็พากันหลบหนีไปเข้ากับพวกราษฎร เลยเป็นกบฏที่เมืองเมาะตะมะ
สมเด็จพระนเรศวรทรงทราบ ก็รีบเสด็จยกกองทัพหลวงออกจากพระนครศรีอยุธยาเมื่อเดือน ๑๑ ขึ้น ๑๑ ค่ำ ปีกุน เสด็จไปทางด่านพระเจดีย์สามองค์ด้วยกันกับสมเด็จพระเอกาทศรถ เจ้าพระยาสุรสีห์ฯคุมกองทัพเมืองเหนือไปทางด่านแม่สอดอีกทางหนึ่ง และมีกองทัพเมืองเชียงใหม่มาช่วยด้วยอีกกองหนึ่ง รวมจำนวนพลกองทัพไทย ๑๐๐,๐๐๐ ไปประชุมกันที่เมืองเมาะลำเลิง
สมเด็จพระนเรศวรเสด็จไปถึง ต้องหยุดประทับยับยั้งจัดการปราบปรามพวกกบฏในเมืองมอญอยู่ถึง ๓ เดือนจึงราบคาบ และได้เสบียงอาหารบริบูรณ์ตามเกณฑ์
ฝ่ายข้างเมืองหงสาวดี ตั้งแต่ถูกกองทัพเมืองตองอูกับเมืองยักไข่มาล้อมอยู่ พวกชาวเมืองกำลังกลัวจะต้องตกเป็นเชลยของไทย บางพวกก็เชื่อว่าพระเจ้าตองอูจะมาช่วยเหมือนปากว่า แต่พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงสงสัยว่า พระเจ้าตองอูคิดจะเอาเมืองหงสาวดีเอง เป็นแต่ทำอุบายว่าจะมาช่วย จึงไม่อนุญาตให้กองทัพพระเจ้าตองอูเข้าไปในพระนคร
แต่เมื่อเมืองหงสาวดีถูกพวกเมืองตองอูกับเมืองยักไข่ล้อมอยู่เช่นนั้น ที่ในเมืองก็เกิดอดอยากขาดแคลนลง พอได้ข่าวว่าสมเด็จพระนเรศวรเสด็จไปถึงเมืองมอญ พวกชาวหงสาวดีที่เชื่อถือพระเจ้าตองอู ก็พากันลอบหนีออกไปหากองทัพเมืองตองอูมากขึ้นทุกที จนถึงมีพวกข้าราชการและที่สุดถึงพระมหาอุปราชาก็ทิ้งพระเจ้าหงสาวดีออกไปเข้ากับพระเจ้าตองอู โดยเห็นว่าแม้จะต้องเป็นเชลย ก็เป็นเชลยพวกพม่าด้วยกันเองอยู่ในเมืองพม่า ยังดีกว่าถูกไทยกวาดต้อนเอาไปเป็นเชลยในเมืองไทย
พระเจ้าหงสาวดีถูกราชบุตรและข้าราชบริพารทิ้งเสียโดยมากเช่นนั้น มิรู้ที่จะทำอย่างไร ก็ต้องอนุญาตให้กองทัพเมืองตองอูเข้าไปในพระนคร แล้วมอบอำนาจให้พระเจ้าตองอูได้ว่าราชการบ้านเมือง ก็ให้ไปขอหย่าทัพกับพระเจ้ายักไข่ ด้วยยอมให้หัวเมืองชายทะเลที่ปรารถนา และทูลขอพระราชธิดาของพระเจ้าหงสาวดีองค์หนึ่ง กับช้างเผือกตัวหนึ่งให้พระเจ้ายักไข่ด้วย
แม้รูปสัตว์ทองสัมฤทธิ์ซึ่งไทยได้มาจากเมืองเขมร แล้วพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองเอาไปจากเมืองไทยนั้น พระเจ้ายักไข่ยากได้ก็ยอมให้ขนเอาไปเมืองยักไข่ในคราวนี้
ฝ่ายพระเจ้ายักไข่ก็รับว่าจะแต่งกองโจรไว้คอยตีตัดลำเลียงเสบียงอาหารกองทัพไทยให้อดอยาก จะต้องถอยมัพกลับไปจากเมืองหงสาวดี ตกลงกันอย่างนั้นแล้วพระเจ้ายักไข่ก็เลิกทัพเรือกลับไปยังเมืองสิเรียมที่พระเจ้าหงสาวดียกให้นั้น
เมื่อหย่าทัพกับเมืองยักไข่แล้ว พระเจ้าตองอูจึงทูลพระเจ้าหงสาวดีว่า สืบได้ความว่ากองทัพสมเด็จพระนเรศวรยกไปมีกำลังมากนัก จะต่อสู้ที่เมืองหงสาวดีเห็นจะสู้ไม่ไหว ขอเชิญเสด็จไปยังเมืองตองอู ตั้งต่อสู้ที่นั่นจึงจะพ้นมือข้าศึกได้
พระเจ้าหงสาวดีมิรู้ที่จะทำอย่างไรก็ต้องยอม พระเจ้าตองอูจึงให้เก็บรวบรวมทรัพย์สมบัติ และกวาดต้อนผู้คนพลเมืองหงสาวดีผ่อนส่งไปยังเมืองตองอูเป็นลำดับมา
ในพงศาวดารพม่าว่า พระมหาอุปราชาอยู่ในพวกที่ไปก่อนเพื่อน ไปถึงเมืองตองอู พระสังกะทัตราชบุตรพระเจ้าตองอูก็ลอบปลงพระชนม์เสีย แต่ปกปิดมิให้รู้ไปถึงเมืองหงสาวดี
ฝ่ายสมเด็จพระนเรศวร ได้ทรงทราบแต่แรกเสด็จไปถึงเมืองเมาะลำเลิง ว่ากองทัพเมืองตองอูกับเมืองยักไข่ไปล้อมเมืองหงสาวดีอยู่ ก็แคลงพระทัย ด้วยพระเจ้าตองอูกับพระเจ้ายักไข่ได้ทูลมาในศุภอักษรว่า ถ้ากองทัพหลวงไปเมื่อใดจะยกมาช่วยตีเมืองหงสาวดีทั้ง ๒ เมือง เหตุไฉนจึงด่วนไปล้อมเมืองหงสาวดีเสียก่อนกองทัพหลวงไปถึง แต่กำลังติดทรงปราบปรามพวกกบฏที่เมืองเมาะตะมะก็นิ่งอยู่
พอปราบกบฎเรียบร้อยแล้วก็เสด็จยกกองทัพหลวงจากเมืองเมาะลำเลิง ขึ้นไปยังเมืองหงสาวดีในเดือน ๓ พระเจ้าตองอูได้ยินว่า สมเด็จพระนเรศวรยกกองทัพออกจากเมืองเมาะลำเลิง ก็พาพระเจ้าหงสาวดีออกจากพระนครหนีไปเมืองตองอู เมื่อเดือน ๔ ขึ้น ๒ ค่ำ
แต่พอเมืองหงสาวดีร้างไม่มีผู้คน พวกกองโจรชาวยักไข่ก็พากันเผาเมืองหงสาวดีเสียหมดทั้งเมือง แม้จนปราสาทราชมนเทียรก็ถูกไฟไหม้หมด ไม่มีอะไรเหลือ
เรื่องเผาเมืองหงสาวดีครั้งนั้น ในหนังสือพงศาวดารบางฉบับว่า พระเจ้าตองอูสั่งให้เผา บางฉบับว่าพวกยักไข่เข้าไปเที่ยวค้นหาทรัพย์สินซึ่งยังเหลืออยู่ เช่นสุมไฟลอกทองพระเป็นต้น เลยเกิดเพลิงไหม้เมืองหงสาวดี ซึ่งเมืองยักไข่ตามประวัตินี่แหละครับ คือ ที่ตั้งของรัฐอาระกัน ภูมิลำเนาของโรฮิงญาในปัจจุบัน
